Платёжная система Яндекс.Деньги была запущена в 2002 году на основе технологии PayCash в качестве партнёрского проекта. В 2005 году работа в системе стала доступна через веб-интерфейс. Уже с 2007 года «Яндекс» полностью выкупил все права, став единоличным владельцем ПС. С помощью Яндекс.Деньги доступны многие виды финансовых операций: от покупок в Интернете, до оплаты счетов ЖКХ, взносов в благотворительные фонды и даже расчет за топливо на АЗС. Однако, исходя из политики руководства Яндекс.Деньги, осуществлять коммерческую (предпринимательскую) деятельность посредством этой системы нельзя. Яндекс.Деньги сотрудничает исключительно с российскими банками. С некоторыми из них (а работает платёжная система со всеми банками России) поддерживает партнёрские отношения, что отражается в некоторых льготах. Пополнить счёт можно наличными через Сбербанк, банковским или почтовым переводом, с помощью пластиковых карт Яндекс.Деньги, при помощи банкоматов МБРР, Внешторгбанка 24 и терминалов «Элекснет». В зависимости от способа пополнения средства поступают на счёт по-разному. Через карты Яндекс.Деньги и терминалы – мгновенно, другими способами – до трёх суток. Как любая развивающаяся система, Яндекс.Деньги имеет свои преимущества и недостатки. Пользователи Яндекс.Деньги отмечают, что к плюсам ПС можно отнести огромную сферу деятельности системы, ведь перечень товаров и услуг, которые оплачиваются посредством Яндекс.Деньги, воистину велик. Также плюсам являются минимальные комиссионные внутри системы и простота и вариативность ввода/вывода денег. Работа, изначально ориентированная на просторы бывшего СССР и в правовом поле Российской Федерации, тоже одно из преимуществ системы Яндекс.Деньги. К недостаткам относят моновалютность системы, ибо это несколько ограничивает продвижение системы. Значительные комиссионные (до 4%) при выводе средств выгодны партнёрам платёжной системы, но явно отпугивают пользователей. Система безопасности, несмотря на свою продуманность, не отличается сверхнадёжностью. Известны случаи, когда пользователи Яндекс.Деньги ставали жертвами Интернет-мошенников. Также поступает много жалоб на блокировку счетов службой безопасности Яндекс.Деньги. Основная мотивация – использование клиентом электронных денег для коммерческих целей, однако служба поддержки, как правило, не объясняет, что скрывается за этой формулировкой.